Primera Fundación
El origen de esta ciudad inicia con la reducción Jesuítica nombrada San Francisco Javier, fundada el 3 de diciembre del año 1629 por el Padre Jesuita José Ordoñez, integrante de la Compañía de Jesús. Tras el asentamiento, hubo un período de fecundo crecimiento y desarrollo notable de la misión, pero los guaraníes se vieron en la obligación de crear milicias armadas, se convirtió así, en el baluarte defensivo del territorio misionero contra los ataques de los bandeirantes, mamelucos y tupíes brasileños, quienes llegaban a estos poblados con el fin de saquear y de secuestrar aborígenes para venderlos como esclavos en las fazendas paulistas.
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1641
Y fue precisamente en el año 1641, en la histórica Batalla de Mbororé (primera batalla naval en América) en la que huestes guaraníes derrotaron y ahuyentaron a los invasores. Se convirtió en el primer combate en defensa de la soberanía argentina y misionera, llevada a cabo por 5000 guaraníes comandados por el padre Antonio Ruiz de Montoya.
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1716
En el año 1716, San Francisco Javier contaba con una población aproximadamente de 5600 habitantes, que se autoabastecían con sus producciones agrícolas, entre ellas yerba mate nativa y originaria de nuestra tierra, ganado vacuno, caballos y ovejas.
Durante el período jesuítico, además de las tareas de producción agropecuaria, se desarrollaron aquí importantes actividades culturales, como la edición de libros, algunos de los cuales se conservan aún, ya que este centro contó con la primera imprenta que operó en América del Sur.
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1767
Su desarrollo fue notable hasta el año 1767, con las órdenes del Rey Carlos III de España de expulsar a los jesuitas del territorio, lo cual produjo la dispersión de los guaraníes, decadencia de los pueblos y reducciones. Con un nuevo avance de los bandeirantes que volvieron a asolar la región se fueron destruyendo todos los sueños de progreso.
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1852
La fe se guardó en el corazón, hasta que en el año 1852 que aparece en el cerro palma el famoso monje (de ahí el nombre CERRO DEL MONJE), fueron muchos los que se acercaron para manifestar su fe ante las imágenes del señor de los desiertos y la virgen María.
El pueblo del que sólo se conservan algunas ruinas, estaba emplazado al norte de la actual localidad. Esta historia que sobrevive en museos, centros de interpretación jesuítica, iglesias y universidades, se revitaliza en la integración regional del Mercosur, conformando el actual "Circuito Internacional de la Misiones Jesuíticas", reconocido como el primer producto turístico trinacional del Mercado Común del Sur, considerado además como el cuarto circuito del turismo cultural a nivel mundial.
Segunda Fundación
El actual poblado renombrado como San Javier, fue refundado el 2 de octubre del año 1877, más de cien años después de la expulsión de los jesuitas, con la llegada de los primeros colonos inmigrantes a la zonas y donde poco a poco se fueron acercando los lugareños nativos en busca de seguridad.
El pueblo actual se levantó sobre los cimientos de su antigua reducción, en sus calles, plazas y fachadas se encuentran los vestigios de sus antiguas ruinas, que hoy junto a sus historias se busca recuperar.
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Los inicios
Desde los inicios de esta nueva etapa, sobrevino un período de crecimiento económico y de organización institucional durante el cual se crearon la Municipalidad y la Policía. Es necesario destacar que en este departamento funcionó la primera Jefatura de la “Policía de la Provincia de Misiones”, creada el 8 de mayo del año 1856, por Decreto del Gobernador de Corrientes Don Juan Pujol, quien designó al Sargento Mayor Don Lino Martínez como encargado. Posteriormente, se crearon también el Juzgado de Paz y el Registro Civil, así como la Primera Escuela de Frontera de la Provincia, (Nº 603), inaugurada el 2 de octubre de 1882.
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Vestigios de Ayer
En octubre del año 1898 se formó la "Hermandad del Cerro Monje", que se responsabilizaba en la atención de la capilla, en ese tiempo el Obispo de Paraná, a cuya diócesis pertenecía Misiones, pidió a los Misioneros del Verbo Divino que atendieran espiritualmente el territorio.
Espiritualidad que se conserva y extiende desde la época de las Reducciones Jesuíticas.
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La dulce
En años más recientes, (1961) se instaló el Ingenio Azucarero y destilería de alcohol, el cual impulsó el crecimiento de la ciudad, llevándola a ser la primera productora de caña de azúcar de la provincia.
