La Bandera que hoy representa a San Javier, fue electa por la comuna en el año 2018. Tras realizar una votación entre diferentes diseños presentados por estudiantes del municipio.

El diseño electo fue realizado por Matías Sena, alumno de la Escuela primaria 603, con 965 sufragios. Fue izada por primera vez en el acto del 20 de junio de 2018. Sena, autor de la bandera fundamento: "En la bandera que realicé para San Javier quise reflejar el espíritu de crecimiento desde los tiempos jesuíticos hasta nuestros tiempos, porque considero que nuestros primeros pasos los dimos con las reducciones de 1629. Luego comenzamos a recorrer un largo camino a través de nuestro sentir y accionar misionero que va acompañado de inmigrantes, nativos y criollos que conforman el grupo de pioneros que aparecen en 1877.

En este camino siempre estuvo como testigo el circundante Río Uruguay, que con sus aguas refresca las costas de Cerros, hermosos paisajes y cañaverales típicos de nuestro San Javier que se funden en el horizonte."

Descripción del símbolo:

El ROJO representa el camino histórico de los tiempos jesuitas, a través del rojo de la tierra misionera que llevó la marca paso a paso de los pioneros que refundan nuestra ciudad.

La CRUZ JESUITA reforzando nuestra identidad jesuítico – guaraní.

El AZUL – CELESTE representa el Río Uruguay y el agua dulce, pura y cristalina de las napas subterráneas, característica de nuestra ciudad.

El VERDE de los cerros y cañaverales que ondean nuestros paisajes.

El CAMINO ROJO es la línea divisoria del Horizonte y todo el reflejo de San Javier se ve en el río Uruguay.